Το Αιγινήτειο Νοσοκομείο ιδρύθηκε με πρωτοβουλία του πρώτου καθηγητή Μιχαήλ Κατσαρά, - μαθητή του J.M. Charcot, - το 1904 χάρη στο κληροδότημα του Διονυσίου και της Ελένης Αιγινήτου (βασιλικό διάταγμα 19/7/1904).
Αρχικά στέγαζε την έδρα της Νευροψυχιατρικής και αργότερα μετά τον διαχωρισμό των δύο εδρών (1963), την έδρα της Νευρολογίας και της Ψυχιατρικής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ). Στεγάζεται στην οδό Βασιλίσσης Σοφίας 72-74.
Οι διαλέξεις και οι εξετάσεις του ΠΜΣ διενεργούνται στο Αμφιθέατρο του νοσοκομείου, "Κώστας Στεφανής", στον 1ο όροφο.
Η εύρυθμη λειτουργία του ΠΜΣ απαιτεί Κέντρο Λειτουργίας και Διαχείρισης Δικτύου. Η υπηρεσία αυτή παρέχεται από τις υπηρεσίες Λειτουργίας και Διαχείρισης Δικτύου του Ε.Κ.Π.Α. (ΚΛΕΙΔΙ). Μέσω του πανεπιστημιακού δικτύου εξασφαλίζεται η πρόσβαση των μεταπτυχιακών φοιτητών σε ηλεκτρονικές πηγές αναζήτησης βιβλιογραφίας, διεθνείς ηλεκτρονικές βιβλιοθήκες, στατιστικά προγράμματα (SPSS).
